魔法世界『エヴァ・グリーン』の女王ツユハの使命により何者かに奪われ た突然変異体の“種”を奪回するため、人間界へ降りてきたナツキ。
「もしも、“種”が人間に取り憑けば欲望を増大させ、狂暴な力を持つ悪魔へと変化させて しまう」。
急ぐナツキの前に立ちはだかった“種”に憑かれた人間。
ナツキは種人間との戦いで痛手を負い、雨に打たれて倒れていたところをちはやに助けら れ、ちはやの家で傷の手当てを受ける。

ナツキは人間界へ来た理由を話し、そして偶然にもちはやが人間界で数十万人に一人しか存在しない魔法戦 士の素質を持っていることを告げた。
ナツキとKISSすると魔法戦士カーマインに変身するちはや。
ちはやはナツキの使命に協力すべく、魔法戦士として戦う ことを決意する。

増殖する種人間たちの浄化を繰り返す二人。
普段は小動物形態の姿でいるナツキも、ちはやの通う銘鳳学園へ行くため人間の姿に変身しているが、魔力がなくなると小動物形態に戻ってしまう。
学園での生活は、一見穏やかなものに見えた。

学校の一角で絡み合う絵美と田村。
そして、全てが終わった後不思議な微笑みを見せる絵美。
そこにあったのは、まるでミイラのような変わり果てた田村の姿だった。

放 課後、なかなか“種”を回収できず困惑していたナツキは、校長室から出てきた絵美に“種”の反応を感じる。
そのドアを開けると、女生徒・真冬に迫っている “種”に憑かれた校長の姿が目に飛び込んできた。
遅れて現れたちはやと共にドアを蹴破り、女生徒を助 けるとちはやはカーマインに変身した。
浄化により気絶した校長と真冬、二人の記憶を消 そうとした瞬間、足を掴まれ、壁に叩き付けられるカーマイン。校長は浄化されてはいなかったのだ。

「ふふふ」と不敵に笑う声の先には魔族風 の衣装を着込んだ女が立っていた。
エヴァ・グリーンの住人セプティムと名乗ったその女が“種”を盗み出していたのだった。
セプティムの合図で大量な種人間 に囲まれた二人は、逃げようとするが阻止されてしまう。カーマインとナツキは、果たして…。

「種」 人間と化した校長、そして男子生徒達に襲われそうになり絶体絶命のカーマインを救った２人目の魔法戦士セルリアンブルー。
そんなカーマインに対し冷徹な態 度を見せるセルリアンブルーの正体は誰なのか。
自分の力の無さを痛感し、悩むちはや。
パワーアップするにはナツキとセックスしなければならない。
どうして も抵抗を感じずにはいられないちはやはナツキを受け入れられないでいた。

一方ずっと想いを寄せていた田村と結ばれた美由利。しかしそれは「種」に憑かれ、 操り人形となった田村を餌に、美由利をも「種」によって支配しようとする絵美の企みだった。

放課後、何も知らないちはやは、美由利と田村とともに ちはやのママの経営するファミレス「エンジェルキッス」へ向い、満員客でてんてこ舞いになっている従業員、友枝・柴・あゆみの手伝いをするため店頭に立つ ものの、満員の店内からは全く声が聞こえない。

そのころ下校途中絵美に呼び出されたナツキは、自分の記憶が突然消えてしまうと恐怖戦き、しがみついてくる 絵美にえもいわれぬ感情を抱いていた。
また、シーンと静まり返ったエンジェルキッス店内で、美由利が一言口笛を切ると客達が「種」人間に豹変し、友枝、 栞、あゆみを襲っていく。
そしてちはやにも魔の手が・・・。
愛するものの心の声は離れたナツキに届くのか？
そしてエンジェルキッスはどうなるのか？

柊ちはやは、「ナツキ」とキスをすることによって愛の魔法戦士カーマインへ変身する。
パワーの源である愛のエネルギーには、ちはやとナツキの深い愛の結合が必要だが、まだ花も恥じらうお年頃の彼女にSEXはまだ抵抗が強いのだった。

一 方、カーマインとセルリアンブルーに撃退されたものの謎の計画を企むベルガモットの部下のセプティム（普段は絵美として生活している）は、種人間たちとの SEXでパワーを取り戻していた。
病院でセプティムの罠に陥ったカーマイン。
しかしセルリアンブルーの援護によって助けられ、種の回収にも成功したかに見 えたのだが・・・。

突如立ち上がる「種」の波動。
さやかの心の奥に隠された闇の記憶。
そして今、セルリアンブルーがカーマインの前に立ちはだかる・・・！！

柊ちはやは、「ナツキ」とキスをすることによって愛の魔法戦士カーマイ ンへ変身する。
ある日、ちはやたち仲良し四人組は銘鳳町レインボータウンへ遊びにいくことに。
ナツキも誘うおうとするちはやだったが、ナツキはいつもどお りにスケベな醜態をさらしていたためまたもちはやの怒りが爆発！
ちはやは銘鳳町レインボータウンへはナツキをおいてきぼりにして出かけていく。

レインボータウンでは大はしゃぎ。
どれに乗ろうかと思案するちはやたちだったが、そんなときトイレに出かけた真冬が正体不明の化け物に襲われる！
魔力のとりことなった真冬をナツキが助けるがまたしてもその現場をちはやが目撃することに！？

レインボータウン内では新たな化け物（ステイメン）に襲われる女性たち。
ちはやはカーマインに変身して退治しようとするが、カーマインエコシャワーも歯が立たなかった！

はたしてカーマインたちは・・・！？