魔法世界『エヴァ・グリーン』の女王ツユハの使命により何者かに奪われ た突然変異体の“種”を奪回するため、人間界へ降りてきたナツキ。
「もしも、“種”が人間に取り憑けば欲望を増大させ、狂暴な力を持つ悪魔へと変化させて しまう」。
急ぐナツキの前に立ちはだかった“種”に憑かれた人間。
ナツキは種人間との戦いで痛手を負い、雨に打たれて倒れていたところをちはやに助けら れ、ちはやの家で傷の手当てを受ける。

ナツキは人間界へ来た理由を話し、そして偶然にもちはやが人間界で数十万人に一人しか存在しない魔法戦 士の素質を持っていることを告げた。
ナツキとKISSすると魔法戦士カーマインに変身するちはや。
ちはやはナツキの使命に協力すべく、魔法戦士として戦う ことを決意する。

増殖する種人間たちの浄化を繰り返す二人。
普段は小動物形態の姿でいるナツキも、ちはやの通う銘鳳学園へ行くため人間の姿に変身しているが、魔力がなくなると小動物形態に戻ってしまう。
学園での生活は、一見穏やかなものに見えた。

学校の一角で絡み合う絵美と田村。
そして、全てが終わった後不思議な微笑みを見せる絵美。
そこにあったのは、まるでミイラのような変わり果てた田村の姿だった。

放 課後、なかなか“種”を回収できず困惑していたナツキは、校長室から出てきた絵美に“種”の反応を感じる。
そのドアを開けると、女生徒・真冬に迫っている “種”に憑かれた校長の姿が目に飛び込んできた。
遅れて現れたちはやと共にドアを蹴破り、女生徒を助 けるとちはやはカーマインに変身した。
浄化により気絶した校長と真冬、二人の記憶を消 そうとした瞬間、足を掴まれ、壁に叩き付けられるカーマイン。校長は浄化されてはいなかったのだ。

「ふふふ」と不敵に笑う声の先には魔族風 の衣装を着込んだ女が立っていた。
エヴァ・グリーンの住人セプティムと名乗ったその女が“種”を盗み出していたのだった。
セプティムの合図で大量な種人間 に囲まれた二人は、逃げようとするが阻止されてしまう。カーマインとナツキは、果たして…。