捕 らえられた聖流を救出するために、現れたエンジェルブレイド！
その前に立ちはだかる、ダークマザーの大幹部であるクローエとイレーヌの二人！
2対1と不利 な戦いを強いられてしまうブレイド。
絶体絶命のピンチに陥ったその時・・・もう一人のエンジェルブレイドの姿が！
エンジェルエンダーと名乗る彼女は、自分 はエンジェルブレイドのプロトタイプだと告げる。
そして、エンジェルエンダーの助けもあり、反撃に転じるエンジェルブレイド！
二人のブレイドの反撃に一時 退散をするしかなくなるクローエとイレーヌ。
辛うじて、勝利を手にするエンジェルブレイド。
そして、平和が戻った学院に再び忍び寄る不吉な影が・・・。
ネ イルカイザーによって、新たな力を得た学院長が聖流を狙い始める！
捕らわれた聖流が、変身した学院長に蹂躙の限りを尽くされてしまう！
それを察知した萌奈 が、聖流を救出しに向うが・・・！