第一夜

双つの月突如、月の傍らに謎の蒼い月が現れた。
人々は、その月を「真月」と名づけた。それから３年後の真月が蒼く輝く夜、主人公・亮の前に得体の知れない怪物が現れた。
蒼く染まる街を逃げ惑う亮、遂に詰められ、もうおしまいかと思ったその時、赤い瞳の少女・いずみが現れ、一刀のもとに怪物を倒し去っていった。
果たしてその怪物の正体は？そしていずみは何者なのか・・・。

第二夜

邪つの月夏休みも半ばを過ぎた頃、いずみ達は学園祭の準備をしていた。
その傍ら、相変わらず光狩と戦う日々を送っていた。
そんな中、奇怪な事件が起きる。
それはハイジの仕業だった。
ハイジは光狩に憑かれて以来、街に出ては凍夜に迷い込んだ人々に恐怖と絶望を与え、最終的には命をうばってしまうという快楽殺人を楽しんでいた。
ハイジといずみ達は一戦を交えることに！
マコトの一撃にやられ、その場をからくも逃れたハイジは復讐を企てるが・・・。

第三夜

陵の月壮絶な光狩との戦いに星川たちは敗れ、重傷を負ってしまった。
そのことに責任を感じてしまったいずみは、仲間の一人一人のつらい光狩との戦いの記憶を消し、たった一人で戦いに踏みでようとしていた。
一方、コウヤ（光狩）たちは、自分たちの世界「真夜」を実現させるために言霊使いの言真美を捕らえて「夜の女王」の魂を呼び覚まそうとしていた・・・・。
そして、戦いの中で記憶を消された鏡花といずみの兄ソウジとの間に意外な過去が判明する？

第四夜

幽の月（ほのかのつき）コウヤ達の計画により、涙を流すかのように新月から光狩達異形の群れが地上にあふれ出た。
街は地獄と化し、人々は「凍夜」に包まれてしまった。
刻々と近づく「真夜」を阻止すべく、いずみと合流した亮たちであったが、彼らの前にいずみの兄ソウジが立ちはだかる。
いずみ達はソウジを止めることが出来るのか！
そしてコウヤの野望を打ち砕く事が出来るのか！
大人気シリーズ怒涛の完結！！